Hunajan lyhytaikainen säilytys käy kuivassa ja huoneen lämmössä tiiviisti suljetussa purkissa. Jos ostat enemmän hunajaa kerralla suositeltavaa on säilöä avaamattomat purkit viileässä (noin +14 c) ja kuivassa tilassa. Uuden sadon juokseva hunaja säilyy juoksevana ainoastaan pakastettuna. Hunajansa juoksevana nauttivan on hyvä pakata hunaja kuukauden käyttöerissä pakastimeen. Tällöin hunaja on edelleen juoksevaa sulamisen jälkeen eikä hunajaa tarvitse missään vaiheessa lämmittää.